Факультет комп’ютерних наук та інноваційних технологій також почав свій довгий шлях з серпня 2003 року та напочатку здійснював підготовку спеціалістів за двома спеціальностями: «Комп'ютерна інженерія» та «Інформаційна безпека». На відміну від факультетів інших ВНЗ подібної спеціалізації, ФКНІТ займався активним налагодженням закордонного співробітництва, що дозволяло студентам МГУ брати участь у численних міжнародних програмах, проходити навчальну практику в IT-компаніях світового рівня, працювати над спільними проєктами із фахівцями інших держав (зокрема КНР). При факультеті було утворено кафедру комп’ютерної інженерії; кафедру інформаційної безпеки; кафедру математики та математичного моделювання.
Пізніше факультет було включено до складу Інституту права, економіки та міжнародних відносин, але незабаром через високій набір та зростаючу популярність відновлено його самостійну діяльність як факультет кібербезпеки, програмної інженерії та комп’ютерних наук. Очолює факультет Доктор технічних наук, професор, Заслужений діяч науки і техніки України, Кавалер ордена княгині Ольги III ступеня професор Ірина Стрелковська.
Викладач і в майбутньому завідувач лабораторією комп’ютерних класів Борис Тимофєєв навчає студентів базовим знанням з електротехніки.